Det finns flera bra hotell i Fredrikshamns centrum på gångavstånd från hamnen, tågstationen och alla bekvämligheter. De flesta hotell i Fredrikshamn erbjuder både enkelrum, dubbelrum och familjerum med frukost inkluderat. För den som vill arrangera konferens erbjuder Hotel Frederikshavn och Scandic The Reef fina konferensfaciliteter. Det finns även billiga hotell i Fredrikshamn i vandrarhemsstil. På Danhostel Frederikshavn City finns rum med tillgång till eget kök. För den som vill ta med sig husdjur på hotell i Fredrikshamn rekommenderas Hotel Frederikshavn eller Best Western Hotel Herman Bang. Best Western Hotel Herman Bang erbjuder även ett spa- och hälsocenter med mineralbad och bubbelpool. Strax utanför Fredrikshamn finns det möjlighet till camping och boende i stugor på Frederikshavn Nordstrand Camping & Cottages. Här finns stugor för upp till fem vuxna med eget pentry. Fredrikshamn ligger nära Skagen och kan vara ett alternativ för den som är på väg till eller från Skagen, eller om boende i Skagen är fullbokat under högsäsongen.